Um im Kampf gegen die Separatisten bestehen zu können, setzt die galaktische Republik auf Klon-Krieger. Diese gleichen bis auf kleine Modifikationen ihrem genetischen Original Jango Fett. Doch eine kleine Sondereinheit weicht ab. Die Clone Force 99 besteht aus genetisch stark modifizierten Klonen, welche für ihre Aufgabenfelder spezialisierte Fähigkeiten aufweisen.